歷經(jīng)十個(gè)世紀(jì)的風(fēng)雨，大約在198X年的某個(gè)時(shí)刻，阿特姆施萊德于日本領(lǐng)養(yǎng)了一位義女——唐井，她恰好是天狗施萊德小祿崎直系血脈的繼承者。他不僅向唐井傳授了忍者的全部技藝，還鑒于地球科技的飛速發(fā)展可能助他重返太空，決定將她培養(yǎng)為自己的接班人，并向她揭露了自己身為外星人的真相。隨后，隨著地球上其他阿特姆流亡者的消息，阿特姆施萊德轉(zhuǎn)戰(zhàn)美國(guó)，并迅速獲得了紐約市長(zhǎng)授予的城市金鑰匙，一躍成為紐約首屈一指的富豪，坐擁無數(shù)財(cái)富和全市最高的大廈，同時(shí)暗中操控著城市的黑暗勢(shì)力。與此同時(shí)，阿特姆施萊德殘忍地殺害了身在美國(guó)的守護(hù)者濱戶良大師。濱戶良是那些崇拜并保護(hù)阿特姆流亡者的戰(zhàn)士之一，他曾多次請(qǐng)求五龍忍者裁判所幫忙對(duì)付這名阿特姆施萊德，但裁判所卻認(rèn)為他們只應(yīng)關(guān)注被封印的天狗，認(rèn)為施萊德不過是個(gè)冒牌貨，無需理會(huì)。這一態(tài)度激怒了阿特姆施萊德。后因友人背叛，濱戶良隨阿特姆流亡者離開日本，但最終仍在美國(guó)不幸遇難。濱戶良的寵物鼠斯普林特僥幸逃脫，意外地與四只烏龜在紐約的下水道中接觸到了阿特姆制造的變異液體，它們因此變成了半人形的變異生物，新一代忍者神龜由此誕生。斯普林特開始教導(dǎo)這些烏龜濱戶良遺留下的忍者技藝與知識(shí)，期盼它們有朝一日能為濱戶良復(fù)仇。到了2003年，已經(jīng)成長(zhǎng)并嶄露頭角的忍者神龜們終于迎來了他們的宿敵——施萊德。施萊德企圖拉攏神龜之一的李?yuàn)W納多加入自己，卻以失敗告終。暴露邪惡本質(zhì)的阿特姆施萊德與神龜們展開了首場(chǎng)激戰(zhàn)，最終在斯普林特的協(xié)助下，眾人齊心協(xié)力將他擊退。不久后，施萊德卷土重來，將李?yuàn)W打成重傷。在朋友的幫助下，李?yuàn)W逃脫并休養(yǎng)恢復(fù)，神龜們則返回紐約與施萊德再次交鋒。最終，施萊德被李?yuàn)W用騰古之劍斬首，但眾人很快發(fā)現(xiàn)那只是他的機(jī)械外殼。而神龜們也因此失去了他們的“父親”——斯普林特的蹤跡。為了尋找失蹤的斯普林特，神龜們結(jié)識(shí)了阿特姆流亡者一族，并深入了解了他們的歷史。然而，就在此時(shí)，施萊德再度現(xiàn)身。一番激戰(zhàn)后，施萊德的真面目暴露無遺。眼見阿特姆一族利用傳送門逃離地球，他千年的復(fù)仇計(jì)劃化為泡影，施萊德惱羞成怒，企圖與神龜們同歸于盡。最終，神龜們利用傳送門逃脫，而施萊德則在一片爆炸聲中消失得無影無蹤。